La permacultura tiene que ver con el pensamiento sistémico. Si puede comprender el sistema como un todo, las soluciones a los problemas e ineficiencias locales se volverán evidentes. Al comprender completamente el problema, en un contexto de sistemas, se le proporcionará la solución.

Un ejemplo clásico nos llega del libro de Ken Mudge y Steve Gabriel Farming the Woods. Un sistema de tipo bosque alimentario tenía un problema en el que las estaban devastando los cultivos de hongos. Mirando este problema localmente y no sistemáticamente, esto es todo un problema, y uno podría recurrir a productos químicos nocivos para frustrar las. Sin embargo, al pensar en todo el sistema, uno se da cuenta de que pueden traer patos (5, 6, 8, 10) que comerán las, convirtiéndolas en huevos mientras protegen los hongos y fertilizan los árboles. El problema se convierte en la solución.

Otro ejemplo es la presencia de dientes de león y otras "malezas" comunes en el jardín. La gente pasa sus vidas tratando de erradicar estas plantas, pero fue en vano. Si simplemente cambiaran su perspectiva para ver los numerosos beneficios y funciones que tienen estas plantas, entonces serían bienvenidas en el jardín con los brazos abiertos, y el problema se convierte en la solución. A veces una actitud es todo lo que se necesita.

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